Основными процессами лиофильной сушки являются:

• Сушка в круглодонных колбах, широкогорлых бутылках, ампулах, и т.д. ("внешний" метод). Продукт предварительно замораживается вне лиофильной сушки, например при помощи охлаждающей ванны, а затем подсоединяется к лиофильной сушке посредством трехходовых резиновых вентилей. Каждый сосуд может быть подсоединен и удален по отдельности.
• Сушка продуктов в чашках, пузырьках или подобных контейнерах на полках (в некоторых случаях нагреваемых) вне камеры конденсора льда ("внутренний" метод). Продукт предварительно замораживается в морозильнике или охлаждающей ванне, а затем сушится под акриловой или стальной крышкой. Удаление отдельных образцов в процессе сушки не рекомендуется (опасность оттаивания).

В данной конфигурации продукт замораживается  внутри камеры конденсора льда и затем сушится. Данный метод особенно применим для веществ с низкой температурой замерзания или термически нестабильных веществ. В соответствии с данным методом, полки располагаются непосредственно в камере конденсора льда. Для более эффективного замораживания может использоваться вентилятор. Также возможно использование устройства для укупорки пузырьков.

В данной конфигурации продукт предварительно замораживается вне лиофильной сушки и затем сушится над камерой конденсора льда. Данный метод позволяет использовать широкий ассортимент принадлежностей. Промежуточный клапан может использоваться для отделения сушильной камеры от камеры конденсора льда в целях проведения теста повышения давления и определения завершения процесса сушки.